Боль в том, что у вас много товарных позиций на стороне МойСклад, и каждый заказ из МойСклад нужно дублировать в Битрикс24. Это довольно рутинный и трудозатратный процесс. 

Из каждого заказа в МойСклад необходимо выбрать контрагента, сумму заказа, товар (создать его вручную в каталоге Битрикс24 и привязать к сделке). При получении оплаты завершить сделку и актуализировать остатки товара в МойСклад.

Если вам необходимо синхронизировать каталоги в МойСклад и Битрикс24, а также списывать остатки товаров при каждой продаже, которая сформирована в сделке Битрикс24, вам поможет  интеграция Мой Склад и Битрикс с помощью Пинкит.